Sau khi Gyalwa Zangpo, nhà chấp chính vùng Trung Tây Tạng, nghe được rằng Nguyên Huệ Tông muốn phế truất ông và thay thế bằng một người khác, Wangtson, bèn liền thiết lập một mối quan hệ liên minh với Changchub Gyaltsen. Không lâu sau đó, Wangtson giành được quyền cai trị Trung Tây Tạng và điều binh đi đánh Phagmodru. Mặc dù phe Wangtson áp đảo về số lượng quân đội, đội quân của Changchub Gyaltsen đã đẩy lùi được quân địch và chiếm giữ các vùng lân cận. Năm 1349, hầu hết vùng Vệ (phía đông của Trung Tây Tạng) thuộc về quyền cai trị của Changchub Gyaltsen, bao gồm cả Lhasa (Lạp Tát). Trong vòng bốn năm sau, năm 1353, một nỗ lực lớn cuối cùng đã được thực hiện để ngăn chặn sự phát triển lớn mạnh củaPhagmodru. Liên minh Sakya, Drigung, Yazang và Nangpa đã tấn công Changchub Gyaltsen nhưng cuối cùng phải rút lui. The next year 1354 was decisive. Gyalwa Zangpo sau nhiều năm giành lại được quyền chấp chính ponchen khoảng năm 1350. Đội quân Phagmodru đánh bại thành Nangpa sau khi vượt được sông Shabchu, và tiếp tục đi đánh Sakya.[5] Hậu chiến tranh khắp vùng Tsang (phía tây Trung Tây Tạng) rơi vào quyền chấp chính của Changchub Gyaltsen.[6]

Hai năm sau chiến loạn, Gyalwa Zangpo, vị chấp chính (ponchen) vùng Sakya liên minh với Changchub Gyaltsen, đã bị bắt bởi lạt ma trưởng tu viện Sakya, Lotro Gyaltsen. Một lần nữa Changchub Gyaltsen phải can thiệp vào các vấn đề tại Sakya. Ông triệu tập một cuộc hội nghị hòa bình với sự tham dự của Lạt-ma Sonam Gyaltsen, một lạt ma được kính trọng tại Sakya. Kết quả là phía cầm quyền Sakya bị buộc phải thả Gyalwa Zangpo.[7] Năm 1357, một cuộc nội chiến lại làm cho địa khu Sakya bất ổn định. Vị lạt ma Kunpangpa xuất chúng đã bị ám hại một cách không rõ nguyên nhân, và ponchen Gyalwa Zangpo cũng mất ngay sau đó, đồn đoán rằng tất cả là do cựu ponchen Wangtson làm. Changchub triệu tập một cuộc gặp mặt tại Sakya năm 1358 để giải quyết các vấn đề của Trung Tây Tạng. Mặc dù cuộc bàn luận không có kết quả, ông đã để lại quân đội ở Sakya.[8] Quân lính từ Lhatse dưới sự điều khiển của Wangtson đã nổi dậy nhưng liền bị đánh bại, Wangtson bị bắt và 464 binh lính của ông bị thọt mù mắt.[9] Dù sao đi nữa, Changchub Gyaltsen vẫn người cai trị Trung Tây Tạng cho đến cuối cuộc đời mình trên thực tế dù không xưng ngôi quân chủ - vài năm trước khi triều đại nhà Minh được thành lập ở Trung Quốc vào năm 1368. Miền Trung Trung Quốc đã bị tàn phá bởi những cuộc giao tranh và hỗn loạn sau năm 1354, vì thế nên các vua chúa nhà Nguyên không có thời gian để can thiệp vào chuyện chính của Tây Tạng. 

Đại Tư Đồ Changchub Gyaltsen băng giá năm 1364 và người kế vị là Jamyang Shakya Gyaltsen (chữ Tạng: འཇམ་དབྱངས་ཤ་ཀྱ་རྒྱལ་མཚན; Wylie: 'jam dbyangs sha kya rgyal mtshan, tiếng Trung: 章陽沙加監藏, Chương Dương Sa Gia Giam Tạng) (1340-1373), cũng là một tu sĩ. Mặc dù tất cả cai chính giả đều thuộc về gia đình của Changchub Gyaltsen, năm người cầm quyền đầu tiên bao gồm cả ông vì đều là tu sĩ nên không kết hôn và có con nối tự.